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本实用新型公开了一种荒漠蓝藻种藻扩繁设施，包括：第一处理单元，包括第一腔室和搅拌机构，第一腔室用于容置培养液和荒漠蓝藻种藻，搅拌机构用于对培养液和荒漠蓝藻种藻进行搅拌混合；第二处理单元，包括用于使混合后的培养液和荒漠蓝藻种藻与空气混合的第二腔室；第三处理单元，包括用于容置种藻扩繁后形成的荒漠蓝藻的第三腔室，以及用于将位于第三腔室内下层区域的荒漠蓝藻导出的收获管路，用于将位于第三腔室上位区域的清液排出的排放管路。本实用新型实施例提供的一种荒漠蓝藻种藻扩繁设施，可以逐步实现添加试剂或种藻、混合、扩繁以及收获，降本增效，实用性强。