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本发明涉及一种区分生物土壤结皮及其下层土壤基础呼吸的方法，其方法是：先将生物土壤结皮层小心的从土壤表面分离，装入150目的筛子中，再将生物土壤结皮下层土壤在160℃高温条件下加热3 h，待下层土壤温度恢复到室温时，将装有生物土壤结皮层的筛子放在土壤表层。本发明的优点为：1.操作简单，采用物理方法进行分离，分离彻底，无污染，成本低廉；2、该方法不会改变自然降水后土壤各组成部分的土壤含水量，处理后的土壤样品试验环境与自然条件接近，试验结果准确性高；3、对土壤的干扰较少，测量结果较接近真实值；4、能够在野外条件下进行连续监测。采用这种方法能够准确测定生物土壤结皮覆盖土壤各组分土壤呼吸速率。