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本发明属于植物育种技术领域，具体涉及一种提高头状沙拐枣种子发芽率的方法及其在种植中的应用。本发明连续1～5天利用水浸泡头状沙拐枣种子后种植；浸泡包括交替进行的恒温浸泡阶段和变温浸泡阶段；恒温浸泡阶段的水温为35～50℃，时间为2h；变温浸泡阶段的水温由35～50℃自然降温至常温，时间为22h。本发明通过利用温水对种子进行连续浸泡，能够有效提高头状沙拐枣种子的发芽率，使其在荒漠风沙土中也能萌发。实施例结果表明，本发明所提供的方法能够使头状沙拐枣种子萌发率最高达到48％。