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本发明涉及一种分离获得真盐生植物内生细菌的方法，该方法是由配制培养基、植物预处理、表面消毒、二次剪切和破碎、内生细菌的分离和培养过程步骤完成，将真盐生植物表面消毒、二次剪切选取最佳部位后机械破碎真盐生植物组织，涡旋高速震荡分离内生细菌，通过特殊培养基低温培养内生细菌。本发明与现有方法相比，不仅可利用费用低廉的机器快速破碎真盐生植物组织，涡旋震荡使真盐生植物组织中的内生细菌释放更加充分，而且通过特殊培养条件提高得率，从而在种类和数量上均获得更好的真盐生植物内生细菌分离效果，以期尽可能获得真盐生植物体内所有的内生细菌，克服已有技术中的局限性。