为明晰历史因素和当代环境因子对流域内微生物空间分布格局的相对重要性,本研究在澜沧江流域内系统布设76个样区,每个样区内采集陆地土壤和水体底泥样品各5份,使用纯培养和单孢分离法获得样品中的捕食线虫真菌(Nematode-Trapping Fungi, NTF)纯培养物,再结合形态学和分子生物学方法对NTF进行鉴定。通过等距离及按古金沙江与古澜沧江的交汇点为界限的两种方式对澜沧江上中下游进行划分,以此来探究历史因素和当代环境因子对NTF空间分布格局的相对影响。从760份样品中共分离得到3属31种566株NTF,总样品检出率和香农威纳指数分别为49.74%和2.54。澜沧江流域内样品检出率和物种丰富度与环境因子均无显著的相关关系,而澜沧江流域内NTF存在极显著的距离衰减关系(P<0.005)。两种划分方式下的NTF分布模式相似,上下游与部分环境因子出现显著的相关关系,中游仍无显著的相关关系(P<0.05),但历史划分下的中游NTF出现显著的距离衰减关系(P<0.05);且中游的NTF与金沙江上游的物种相似性都较高(0.57和0.59),上游间则较低(均为0.46)。结果表明,NTF在澜沧江流域内存在空间分布格局,古金沙江与古澜沧江的混流历史(历史因素)是关键驱动因子,等距划分流域会模糊历史因素对流域内微生物空间分布格局的影响,而考虑河流演化历史能够更容易发现此规律。