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本发明公开了一种基于生态输水调整流域小气候和生态系统的方法，其包括计算所有植物品种的总覆盖面积；当总覆盖面积小于预设值时，计算研究流域上一年度的标准化降水蒸散指数，并判断标准化降水蒸散指数是否位于表征干旱的数值区间；若是，基于单位土壤截留量和下一年度规划的植被覆盖总面积，计算土壤的总截流量和总生长需水量，并累加作为补给的包气带水量，并根据包气带水量及其在生态输水中的统计占比，计算得到研究流域下一年度的生态补水量；否则，根据下一年度规划新增面积，计算预计总截流量和预计生长需水量，并累加作为包气带补水量，采用包气带补水量和统计占比，计算得到研究流域下一年度的生态补水量。