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本发明公开一种基于气象站的生态系统碳水通量计算方法及系统，涉及生态系统碳水通量计算技术领域。根据植被功能类型和/或气候类型对涡度相关通量站进行选择性组合，得到多个表征生态系统的不同情景的组合和每一组合对应的碳水通量数据集，以进一步构建多个碳水通量模型和一个模糊隶属度函数，利用该模糊隶属度函数确定目标区域的每一气象站适用的碳水通量模型，从而基于气象站的观测数据来计算碳水通量，相较于基于涡度相关通量站获取碳水通量的方式，这种方式可挖掘目标区域内所有气象站的高精度碳水通量信息，且相较于基于决定系数和距离集合来加以判断是否将碳水通量模型应用至气象站的方式，能够进一步提高计算精度。