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本发明公开的基于通量观测的格网尺度生态系统碳水通量评估方法，涉及数据处理领域。本发明挖掘基于气象格点的地表生态系统碳通量数据潜力，构建气象格点的碳水通量数据集，并深入开展气象格点碳通量构建的理论、方法与技术研究。利用全球涡度相关通量站和遥感、生态地理大数据，基于机器学习、多重抽样技术、遥感和地理信息等技术，研发生态系统成百上千个基于通量站的碳通量机器学习模型和形成碳通量反演模型迁移应用至气象格点的适应性评估框架和方法体系，筛选可迁移至气象格点的适宜碳通量模拟模型，进而得到气象格点的碳通量数据集，能够在深化陆地生态系统碳循环研究的同时，显著提升区域/全球尺度生态系统碳动态过程评估精度和可靠性。