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本发明公开一种基于气象站的生态系统碳水通量计算方法及系统，涉及生态系统碳水通量计算技术领域。根据植被功能类型和/或气候类型对涡度相关通量站进行选择性组合，得到多个表征生态系统的不同情景的组合和每一组合对应的碳水通量数据集，以进一步构建多个碳水通量模型和一个用于预测决定系数的评价模型，利用该评价模型确定目标区域的每一气象站适用的碳水通量模型，从而基于气象站的观测数据来计算碳水通量，相较于基于涡度相关通量站获取碳水通量的方式，这种方式可挖掘目标区域内所有气象站的高精度碳水通量信息，所得到的碳水通量数据量显著增加，且计算精度高，能够同时满足生态系统碳监测和碳核算的数据量和精度的要求。