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本发明属于伟晶岩识别技术领域，公开了一种基于地化数据和深度学习算法的伟晶岩识别方法。该方法收集研究区的水系沉积物地球化学数据和地质图，并对地球化学数据进行归一化处理，对地质图做矢量化处理；构建数据集；进行数据过采样处理，建立基于深度学习集成算法的伟晶岩和主体岩性分类识别模型；评估伟晶岩和主体岩性分类识别模型性能；进行区域的伟晶岩和主体岩性分类识别；评价伟晶岩和主体岩性识别结果。本发明可提高类似伟晶岩这种小样本数据的识别精度，为在高山区或地质数据不足地区提供一种快速准确的识别区域主体岩性以及小目标岩性譬如伟晶岩的新型识别与填图技术。